楼主是想在中断里改变PWM波的高电平脉冲宽度是不是？如果这个目的，是可以在中断中写入新的CCRx寄存器值，达到改变脉宽的目的。也可以不用中断，设置OCxPE,可以在中断外部改变CCRx寄存器，定时器更新时自动加载。
如果楼主是想输出特定数量的PWM波，比如想输出3个50%占空比的方波，ARR寄存器设置你的pwm频率，CCRx寄存器设置为ccrx=arr/2，可以在中断里设置计数变量，到达需要数目关闭定时器输出，也可以使用TIMx_RCR寄存器相关用法，自动计数输出。