MPC5744的系统和外设时钟Diagram如下： 给设备提供输入的时钟源有：PLL（0和1）、外部振荡器、外部晶振和内部的16MHZ的RC振荡器 在配置时钟时，一定不要让时钟超过限制：
PLL   MPC5744有两个PLL，PLL0和PLL1，两个PLL在上电后是关闭的，需要软件来对其进行使能。结构如下：     其中PLL0是最基础的PLL，作为MPC5744的一个非频率调制时钟，也可作为PLL1的时钟源。PLL0的时钟输入可以是外部时钟震荡器，内部RC震荡器和EXTAL 支路。AUX时钟选择器3配置PLL0的时钟输入。XOSC模块中的XOSC_CTL寄存器选择是XOSC或是EXTAL之路。PLL0的输出是PHI和PHI1。PHI可以作为外设和系统的时钟。PHI1还可以作为PLL1的输入时钟。     PLL1是频率调制的时钟，主要是用来作系统的时钟。其时钟源由MC_CGM模块中的AUX时钟选择器6确定。可选的时钟源有XOSC、PLL0_PHI，EXTAL支路。PLL1的输出时钟可有MC_CGM模块选择为系统时钟。    PLLDIG的初始化：    1. 配置PLL0和相关模块：     1.1 配置PLL0的输入时钟；1.2 配置PLL0DV寄存器；1.3 如果需要修改XOSC_CTL[EOCV]寄存器。1.4 如果需要就调整CMU_MDR和CMU_FDR的值。    2. 打开XOSC和PLL0     2.1  通过模式配置来打开PLL0和XOSC。2.2 通过两次写入MC_ME_CRTL寄存器来进入模式。    3. 等待模式转换完成     3.1 检查MC_ME_GS[S_MTRANS]位或使能中断后检查MC_ME_IS[i_mtc]位。3.2 检查MC_ME__MC[PLL0ON]位，确定是否进入。    4. 配置PLL1和相关的模块      4.1 配置时钟输入  4.2 配置PLL1DV   4.3 设置调频相关寄存器    5. 打开PLL1       5.1 通过模式配置来使能PLL1  5.2 通过两次写入MC_ME_CRTL寄存器来进入模式。    6. 等待模式转换完成       6.1 检查MC_ME_GS[S_MTRANS]位或使能中断后检查MC_ME_IS[i_mtc]位。6.2  检查MC_ME__MC[PLL1ON]位，确定是否进入。
外设和时钟源的关系如图：